清同治七年（1868），船政大臣沈葆桢为保佑轮船顺利下水出海，奏请清廷在婴脰山建造。并于当年春动工，夏落成，耗银3082两。民国十八年（1929），船政天后宫改为林孝女祠。2006年10月，马尾区政府投资1000万元在原址上按天后宫的原有格局扩大1/3的规模重建。2008年竣工后对外开放。
